Si quiere llegar a Bratislava en avión, puede optar entre el aeropuerto internacional de la propia ciudad (Aeropuerto Internacional de M.R. Stefánik de Bratislava) o el aeropuerto de Schwechat, en Viena, que dista unos 45 km de Bratislava y está conectado por autobuses lanzadera regulares.
El aeropuerto de Bratislava es el más grande de Eslovaquia y uno de los más rápidos en expansión de Europa. Tiene vuelos regulares a otras ciudades de Eslovaquia y a numerosos destinos europeos importantes. Desde el Aeropuerto opera un servicio de autobús (número 61) que termina en la Estación Principal de Tren. Desde esta última tiene conexiones con transporte público al centro de la ciudad. En coche se tarda desde el Aeropuerto normalmente unos 15 minutos hasta dicho centro de la ciudad.